1986年化学系多项成果获省部级奖励。3月28日，在北京市委和市政府召开的全市科技工作会议上，应用化学研究所研制的“不饱和聚酯树脂纽扣中试”项目获市级科学技术进步奖二等奖；化学系研制的“新的心肌灌注显像剂”和“99m Tc-特丁基异腈的研究”项目、化学系从事的“左旋18甲基炔诺酮的体内过程及药代动力学研究”项目获市级科学技术进步奖三等奖。5月，由国家教委颁发的科技进步奖中，余尚先主持的“感光性高分子的基础研究及应用开发”获国家教委科技进步二等奖；刘若庄主持的“有机反应机理、分子间作用力的量化研究”、周菊兴主持的“钮扣专用不饱和聚酯树脂与S-906,6BJ-x2，自熄性不饱和聚酯树脂”获国家教委优秀科研成果奖。这次奖励是教委系统首次颁发的科技进步奖，主要是对1978年以来科研成果的总结。7月1日，系主任吴永仁同志被授予北京市优秀共产党员称号。顾江楠负责的课题“连续法合成光刻胶”、刘伯里负责的课题“局部脑血流量与血流速度测定及有关食品研制”和王学斌负责的课题“心肌梗塞病人估计愈后方法的研究”、陈文琇负责的课题“耐辐射一次性塑料注射器材料国产化研究”分别获国家级“七五”攻关项目。本年度，陈文琇被聘为辐射中心学术委员。

5月16日，与北京第二量具厂联合研制的含氰电镀废水处理装置——ZLQ-100型减压蒸发器正式通过生产鉴定，将批量生产，投放市场。11月3日，化学系研制成功并由江苏省无锡市前洲纽扣树脂厂投入试生产的“锡山牌”B-701纽扣专用不饱和聚酯树脂通过产品鉴定。12月14日，应用化学研究所与原兵器部协作研制的“导静电不饱和聚酯树脂地面”技术，在山西阳泉市通过部级鉴定，该项技术成果填补了又一国内空白。

5月20日，国家教委批准我校成立实验仪器厂。9月，化学系刘伯里新增为博士生导师。11月17—19日，物理化学、放射化学、有机化学被评议为学校重点学科。本年度引进的大型设备有气相色谱仪、液相色谱仪、元素分析仪、旋光仪、红外分光光度计等。

本年度，北京回旋加速器放射性药物实验室成立，是北京师宏药物研制中心的前身，刘伯里为董事长。

自1986年起，吴国庆为中国化学会中学生化学奥林匹克竞赛组织者之一，本年度任中国观察员赴荷兰参赛。1989年，1991—2002年领队出国参赛，其中，1995年在北京主办第26届，吴国庆任学术委员会主任，为试题负责人，主持大会颁奖。

本年度，刘伯里任应用化学研究所所长。